In seiner Regierungserklärung vom 23. März 1933 sicherte Hitler zu, die kirchlichen Rechte nicht anzutasten. Das zwischen dem Heiligen Stuhl und dem Deutschen Reich am 20. Juli 1933 geschlossene Konkordat garantierte den Katholiken künftig die ungehinderte Religionsausübung. Im Gegenzug mussten die Bischöfe den Treueid auf den NS-Staat leisten. Trotz ihrer Kompromissbereitschaft hatte die katholische Kirche fortan unter ständig wachsender Verfolgung und Reglementierung, unter Übergriffen, Nachstellungen, Verboten und Verhaftungen zu leiden. Selbst vor der Ermordung prominenter Katholiken schreckte das Regime nicht zurück. Aber die Formen der Gegenwehr beschränkten sich im Wesentlichen darauf, die eigenen Rechte zu verteidigen und innerkirchliche Belange zu wahren. Im Gegensatz dazu haben etliche Katholiken ihre Stimme zum antinazistischen Protest erhoben oder beim organisierten Widerstand verschiedenster politischer Richtungen mitgewirkt. Am 19. Juni 1943 brandmarkten die deutschen Bischöfe in einem Hirtenbrief die Ermordung von „Menschen fremder Rassen und Abstammung“ und traten „für die schuldlosen Menschen“ ein. Von den rund 2.700 im KZ Dachau inhaftierten Geistlichen unterschiedlicher Nationalität waren fast 95 Prozent katholischen Glaubens. Mindestens 160 deutsche Priester und 110 Laien büßten ihre Standhaftigkeit gegenüber dem Nationalsozialismus mit dem Leben.

Die protestantischen Kirchenführer reagierten in ihrer Mehrheit zumeist positiv auf die Machtübertragung an Hitler. Trotzdem bildete sich im Protestantismus schon 1933/34 eine innerkirchliche Oppositionsströmung heraus, die sich in dem von Martin Niemöller und anderen Pfarrern gegründeten „Pfarrernotbund“ sowie der „Bekennenden Kirche“ manifestierte. Der Widerstand der Geistlichen richtete sich vor allem gegen die „Gleichschaltung“, die nationalsozialistisch gesinnten „Deutschen Christen“ sowie gegen die Anwendung des „Arierparagraphen“ in den Gemeinden. Die „Bekennende Kirche“ konnte sich schon bald auf fast ein Drittel, später immerhin noch auf etwa ein Fünftel der insgesamt rund 19.000 evangelischen Geistlichen stützen. Ihre Gottesdienste und Gemeindeveranstaltungen wurden observiert, die Pfarrer waren vielfältigen Schikanen wie Haussuchungen, Zwangsversetzungen oder Zwangspensionierungen ausgesetzt. Etwa 900 Pfarrer der „Bekennenden Kirche“ und Mitglieder ihrer Gemeinden kamen für kürzere oder längere Zeit in Haft. Manche wurden ins KZ verschleppt, darunter Pfarrer Niemöller als „persönlicher Gefangener des Führers“. Einige von ihnen überlebten die Quälereien nicht, denen sie während der Haft ausgesetzt waren.

Die Zeugen Jehovas wurden ab April 1933 als erste Religionsgemeinschaft verboten. Weil viele ihrer Mitglieder dieses Verbot ignorierten, den „Deutschen Gruß“ und jede Eidesleistung verweigerten, eine Betätigung in NS-Organisationen ablehnten und darüber hinaus nicht bereit waren, den Wehrdienst abzuleisten, wurden sie unnachgiebig verfolgt. Tausende Zeugen Jehovas setzten ihren „Verkündigungsdienst“ heimlich fort. Ab Mitte der 1930er Jahren verschärften die braunen Machthaber ihre Verfolgungsmaßnahmen drastisch: Schätzungsweise 10.000 Zeugen Jehovas wurden zwischen 1933 und 1945 inhaftiert, mehr als 2.000 davon in Konzentrationslagern. Dort genossen sie bei ihren Mitgefangenen wegen ihrer Unbeugsamkeit und Gesinnungstreue hohes Ansehen. Als einzige Religionsgemeinschaft bekamen die Zeugen Jehovas die Möglichkeit, sich von ihrem Glauben loszusagen und sich damit die Freiheit zu „erkaufen“. Nur sehr wenige nahmen dieses Angebot an. 1.200 Zeugen Jehovas kamen während der Haft bzw. bei Gewaltakten ums Leben, etwa 250 davon wurden wegen der Verweigerung des Kriegsdienstes hingerichtet. Obwohl die Angehörigen dieser christlichen Vereinigung nicht etwa die Änderung der politischen Ordnung anstrebten, sich dem NS-Regime vielmehr ausschließlich aus Treue zu ihren Glaubensgrundsätzen widersetzten, wurden sie erbarmungslos verfolgt.